Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές έχουν όλα τα δικαιώματα και τις παροχές που προβλέπονται για τους φοιτητές του Α΄ κύκλου σπουδών, πλην του δικαιώματος παροχής δωρεάν διδακτικών συγγραμμάτων. Το Ίδρυμα υποχρεούται να εξασφαλίσει στους φοιτητές με αναπηρία ή/και ειδικές ανάγκες προσβασιμότητα στα προτεινόμενα συγγράμματα και τη διδασκαλία (παρ.3, αρ.34, Ν.4485/2017).
Για την απόκτηση του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών απαιτούνται συνολικά 90 (ενενήντα) πιστωτικές μονάδες (ECTS), εκ των οποίων 60 από την παρακολούθηση διαλέξεων, διενέργεια εργασιών και επιτυχή συμμετοχή στην εξέταση των μαθημάτων του Α’ και Β’ εξαμήνου του ΠΜΣ, οι 10 από την συμμετοχή στην πρακτική άσκηση του Γ’ εξαμηνου, και οι 20 από την εκπόνηση της διπλωματικής εργασίας κατά το Γ’ εξάμηνο. Ένας ΜΦ θεωρείται ότι έχει παρακολουθήσει μόνο εάν συμπληρώσει το 85% των ωρών του μαθήματος (διδασκαλία και ασκήσεις) του ισχύοντος προγράμματος σπουδών. Σε αντίθετη περίπτωση υποχρεούται να επαναλάβει το μάθημα.
Το αντικείμενο της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας πρέπει να αφορά είτε σε πρωτότυπη εργαστηριακή ή κλινική έρευνα, είτε σε μετα-ανάλυση προηγούμενων μελετών, εφόσον δεν υπάρχει αντίστοιχή της στη διεθνή βιβλιογραφία. Ο Επιβλέπων της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας μπορεί να είναι μέλος ΔΕΠ της Ιατρικής Σχολής ή άλλου τμήματος του ΕΚΠΑ ή άλλου Πανεπιστημιακού ιδρύματος της ημεδαπής. Τα υπόλοιπα μέλη της τριμελούς εξεταστικής επιτροπής πέραν του επιβλέποντος, μπορεί να είναι μέλη ΔΕΠ της Ιατρικής Σχολής και άλλοι διδάσκοντες στο ΠΜΣ. Η συγγραφή της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας μπορεί να γίνει στην ελληνική ή την αγγλική γλώσσα, με ελληνική και αγγλική περίληψη και στις δύο περιπτώσεις. Η διπλωματική εργασία πρέπει να έχει έκταση κατ’ ελάχιστο 3.000 λέξεις και κατά μέγιστο 10.000 λέξεις, εξαιρούμενων των βιβλιογραφικών αναφορών. Για να εγκριθεί η εργασία ο φοιτητής οφείλει να την υποστηρίξει ενώπιον της εξεταστικής επιτροπής και να βαθμολογηθεί με βαθμό κατ’ ελάχιστο 5 με άριστα το 10.